ファイルから読み込むと末尾に改行文字が付くので、改行を取り除く必要がある点に注意。
プログラム
import sys
import MeCab
m = MeCab.Tagger ("-Owakati")
for line in open('input.txt', 'r'):
words = m.parse(line)
words = words.rstrip('\n')
print(words)
実行結果
$ cat input.txt
すもももももももものうち
今日はいい天気です
$ python test01.py
すもも も もも も もも の うち
今日 は いい 天気 です
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